admin
作者热门文章
全球科研活动降低2-5倍 | 以Addgene中David R. Liu团队质粒需求调查​为例
2020-07-25

 

 
撰文 | 雪月
 
2020年7月16日,Addgene网站发表了一篇题为The Effect of COVID-19 on Liu Lab Plasmid Requests From Addgene Data 的博客。该博客描述了通过分析Addgene上David R. Liu实验室质粒订单数量,作为特定科学领域中全球活动的代表,以此分析全球质粒需求变化,反映COVID-19对全球科学活动的影响。
 







 
Addgene特别鸣谢麻省理工学院的Max W. Shen,哈佛大学的Alvin Hsu和Broad研究所、哈佛大学的David R. Liu对于这篇调查作出的贡献。David R. Liu已经被业界所熟知,他是Merkin 研究所主任,Broad研究所副主任;哈佛大学化学生物学教授,霍华德·休斯医学研究所研究员。代表作详见BioArt报道:Nature新突破 | David Liu开发新工具实现线粒体内的高效单碱基编辑NBT | David Liu开发以CRISPR-Cas13为基础的RNA m⁶A精准编辑新工具专家点评Nature | David Liu再出重磅基因编辑新工具,可实现碱基随意转换与增删Max Shen是MIT博士在读生,研究方向是将机器学习和统计学方法应用于基础科学。Alvin Hsu是哈佛大学的研究生,他使用选择,演化和机器学习等方法来解决化学生物学中的科学问题。
 

David R. Liu
 
该数据集包括6年内11426个质粒订单(数据由Addgene2020年5月26日提供,并包含2014年5月22日到2020年5月19日的质粒需求)。订单主要来自美国(42%),欧洲(23%)和中国(14%),总共有来自56个国家/地区的质粒订单。
 
按日期排列的质粒订单,括号内为每篇论文订购的质粒总数
 
估计显示,2020年3月的订单数量约为2020年1月1日至3月1日之间订单数量的33%。
 
使用7天滚动平均值对数据进行平滑处理后质粒订单变化图
 
由于美国,欧洲和中国占所有质粒订单的75%以上,因此将讨论重点放在这三个区域在不同的时间受到的影响。值得注意的是,从1月中旬到3月中旬,中国受COVID-19的影响要比世界其他地区早。我们将COVID-19事件窗口定义为2020年1月15日-2020年3月15日(中国)和2020年3月11日-2020年5月19日(美国和欧洲的最后日期)。为了提高模型的稳定性,作者仅考虑了2020年有10个以上唯一订单日期的10篇论文。
 
周末、圣诞节和元旦对质粒需求的影响
 
总结质粒订单变化结果
 
推论表明,COVID-19导致跨区域每天订单的速度降低了2到5倍,其中欧洲受影响最大,中国受影响最小。推断发现周末对订单的影响比COVID-19更为剧烈,团队提醒读者周末效应与科研活动受影响没有因果关系。
 
该团队指出在数据中观察到中国的质粒需求情况较为复杂——从2020年1月22 日到2020年2月23日1个月的时间里,质粒订单为零。从2020年2月24 日到2020年3 月 15日,订单开始恢复正常。该模型拟合了这两个离散阶段,COVID-19对中国的科研活动影响估计为62.3%。根据团队的研究可以推测中国何时受疫情影响最大或最小。
 
按区域划分的平均影响变化
 
团队指出数据集范围有限,该模型对科学活动受COVID-19的影响的解释也受限,并且COVID-19对其他科学领域的影响或许与生物领域不同。
 
Addgene 网站中David R. Liu实验室质粒主页地址:
https://www.addgene.org/David_Liu/
 
 

原文链接

https://blog.addgene.org/the-effect-of-covid-19-on-liu-lab-plasmid-requests-from-addgene-data?utm_campaign=covid&utm_content=134809024&utm_


参与评论0条
友情链接: 国家药品监督管理局
@2019 BIOART.COM ALL RIGHTS RESERVED.沪ICP备18041007号
评论
118